Schizophrenia Research Forum - A Catalyst for Creative Thinking
Home Your Profile Become a Member/Get Newsletter Contact Us
What's New
Recent Updates
SRF Papers
Current Papers
Search All Papers
Search Comments
News
Research News
Forums
Current Hypotheses
Idea Lab
Online Discussions
Virtual Conferences
Interviews
Tech Corner
Resources
What We Know
SchizophreniaGene
Animal Models
Drugs in Trials
Research Tools
Grants
Jobs
Conferences
Journals
Community Calendar
General Information
Community
Member Directory
Researcher Profiles
Institutes and Labs
About the Site
Mission
History
SRF Team
Advisory Board
Support Us
How to Cite
Fan (E)Mail
The Schizophrenia Research Forum web site is sponsored by NARSAD, the Brain and Behavior Research Fund, and was created with funding from the U.S. National Institute of Mental Health.
Printable version  
Polymorphism Details     
Back Search Methods Disclaimer Credits
 Study: Mah, 2006
 Gene: PLXNA2  (OCT; PLXN2)  Entrez Gene    View on PDGene
 Protein: plexin A2  (plexin 2; semaphorin receptor OCT; transmembrane protein OCT)  ProteinLink
 Chromosome: 1   (View: 1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11  12  13  14  15  16  17  18  19  20  21  22  X  Y  MT)
 Status: Updated 22 October 2010
Meta-Analysis     Gene Overview
Total number of polymorphisms investigated by this study: 15

Case-Control Studies (by ethnic group)
  Genotypes
Polymorphism ID#
(Link to NCBI)
Population   C-Allele T-Allele C/C
(frequency)
C/T
(frequency)
T/T
(frequency)
 African Descent
rs752016 USA (IV) SZ
CTR
0.07
0.07
0.93
0.93
0 (0.000)
2 (0.011)
21 (0.143)
21 (0.119)
126 (0.857)
154 (0.870)
 Asian
rs752016 USA (V) SZ
CTR
0.39
0.47
0.61
0.53
8 (0.140)
15 (0.211)
29 (0.509)
37 (0.521)
20 (0.351)
19 (0.268)
 Caucasian
rs752016 USA (I) SZ
CTR
0.16
0.22
0.84
0.78
9 (0.030)
16 (0.050)
79 (0.260)
107 (0.331)
216 (0.711)
200 (0.619)
rs752016 USA (II) SZ
CTR
0.16
0.22
0.84
0.78
5 (0.028)
7 (0.031)
49 (0.272)
86 (0.381)
126 (0.700)
133 (0.588)
 Hispanic
rs752016 USA (III) SZ
CTR
0.18
0.22
0.82
0.78
4 (0.040)
7 (0.063)
28 (0.280)
34 (0.306)
68 (0.680)
70 (0.631)


Case-Control Studies (by ethnic group)
  Genotypes
Polymorphism ID#
(Link to NCBI)
Population   A-Allele G-Allele A/A
(frequency)
A/G
(frequency)
G/G
(frequency)
 African Descent
rs841865 USA (IV) SZ
CTR
0.05
0.03
0.95
0.97
0 (0.000)
0 (0.000)
16 (0.107)
12 (0.067)
133 (0.893)
166 (0.933)
 Asian
rs841865 USA (V) SZ
CTR
0.30
0.31
0.70
0.69
7 (0.125)
6 (0.085)
20 (0.357)
32 (0.451)
29 (0.518)
33 (0.465)
 Caucasian
rs841865 USA (I) SZ
CTR
0.17
0.23
0.83
0.77
9 (0.029)
13 (0.040)
83 (0.271)
120 (0.372)
214 (0.699)
190 (0.588)
rs841865 USA (II) SZ
CTR
0.16
0.21
0.84
0.79
4 (0.021)
9 (0.040)
51 (0.271)
77 (0.341)
133 (0.707)
140 (0.619)
 Hispanic
rs841865 USA (III) SZ
CTR
0.12
0.12
0.89
0.88
3 (0.030)
1 (0.009)
17 (0.170)
24 (0.218)
80 (0.800)
85 (0.773)


Case-Control Studies (by ethnic group)
  Genotypes
Polymorphism ID#
(Link to NCBI)
Population   G-Allele C-Allele G/G
(frequency)
G/C
(frequency)
C/C
(frequency)
 African Descent
rs1327175 USA (IV) SZ
CTR
0.02
0.01
0.98
0.99
0 (0.000)
0 (0.000)
6 (0.041)
4 (0.023)
140 (0.959)
173 (0.977)
 Asian
rs1327175 USA (V) SZ
CTR
0.09
0.10
0.91
0.90
0 (0.000)
0 (0.000)
10 (0.179)
14 (0.206)
46 (0.821)
54 (0.794)
 Caucasian
rs1327175 USA (I) SZ
CTR
0.04
0.08
0.96
0.92
0 (0.000)
3 (0.009)
28 (0.089)
48 (0.149)
288 (0.911)
271 (0.842)
rs1327175 USA (II) SZ
CTR
0.03
0.06
0.97
0.94
2 (0.011)
0 (0.000)
9 (0.047)
27 (0.122)
179 (0.942)
194 (0.878)
 Hispanic
rs1327175 USA (III) SZ
CTR
0.06
0.11
0.94
0.89
0 (0.000)
2 (0.018)
12 (0.121)
20 (0.182)
87 (0.879)
88 (0.800)


Case-Control Studies (by ethnic group)
  Genotypes
Polymorphism ID#
(Link to NCBI)
Population   C-Allele T-Allele C/C
(frequency)
C/T
(frequency)
T/T
(frequency)
 African Descent
rs2498028 USA (IV) SZ
CTR
0.04
0.03
0.96
0.97
0 (0.000)
0 (0.000)
12 (0.083)
9 (0.052)
133 (0.917)
165 (0.948)
 Asian
rs2498028 USA (V) SZ
CTR
0.27
0.33
0.73
0.67
6 (0.111)
6 (0.088)
17 (0.315)
33 (0.485)
31 (0.574)
29 (0.426)
 Caucasian
rs2498028 USA (I) SZ
CTR
0.13
0.20
0.87
0.80
0 (0.000)
13 (0.040)
81 (0.260)
103 (0.319)
231 (0.740)
207 (0.641)
rs2498028 USA (II) SZ
CTR
0.15
0.19
0.85
0.81
4 (0.022)
7 (0.031)
45 (0.249)
73 (0.323)
132 (0.729)
146 (0.646)
 Hispanic
rs2498028 USA (III) SZ
CTR
0.11
0.10
0.89
0.90
3 (0.029)
1 (0.009)
16 (0.157)
20 (0.182)
83 (0.814)
89 (0.809)


Case-Control Studies (by ethnic group)
  Genotypes
Polymorphism ID#
(Link to NCBI)
Population   T-Allele C-Allele T/T
(frequency)
T/C
(frequency)
C/C
(frequency)
 African Descent
rs2478813 USA (IV) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Asian
rs2478813 USA (V) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Caucasian
rs2478813 USA (I) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
rs2478813 USA (II) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Hispanic
rs2478813 USA (III) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
(-) :  Either no data provided, or data otherwise not eligible for inclusion (see methods for details).

Case-Control Studies (by ethnic group)
  Genotypes
Polymorphism ID#
(Link to NCBI)
Population   G-Allele C-Allele G/G
(frequency)
G/C
(frequency)
C/C
(frequency)
 African Descent
rs2498018 USA (IV) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Asian
rs2498018 USA (V) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Caucasian
rs2498018 USA (I) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
rs2498018 USA (II) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Hispanic
rs2498018 USA (III) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
(-) :  Either no data provided, or data otherwise not eligible for inclusion (see methods for details).

Case-Control Studies (by ethnic group)
  Genotypes
Polymorphism ID#
(Link to NCBI)
Population   T-Allele C-Allele T/T
(frequency)
T/C
(frequency)
C/C
(frequency)
 African Descent
rs2498021 USA (IV) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Asian
rs2498021 USA (V) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Caucasian
rs2498021 USA (I) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
rs2498021 USA (II) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Hispanic
rs2498021 USA (III) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
(-) :  Either no data provided, or data otherwise not eligible for inclusion (see methods for details).

Case-Control Studies (by ethnic group)
  Genotypes
Polymorphism ID#
(Link to NCBI)
Population   A-Allele G-Allele A/A
(frequency)
A/G
(frequency)
G/G
(frequency)
 African Descent
rs2498024 USA (IV) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Asian
rs2498024 USA (V) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Caucasian
rs2498024 USA (I) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
rs2498024 USA (II) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Hispanic
rs2498024 USA (III) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
(-) :  Either no data provided, or data otherwise not eligible for inclusion (see methods for details).

Case-Control Studies (by ethnic group)
  Genotypes
Polymorphism ID#
(Link to NCBI)
Population   m-Allele M-Allele m/m
(frequency)
m/M
(frequency)
M/M
(frequency)
 African Descent
rs2785624 USA (IV) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Asian
rs2785624 USA (V) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Caucasian
rs2785624 USA (I) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
rs2785624 USA (II) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Hispanic
rs2785624 USA (III) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
(-) :  Either no data provided, or data otherwise not eligible for inclusion (see methods for details).

Case-Control Studies (by ethnic group)
  Genotypes
Polymorphism ID#
(Link to NCBI)
Population   m-Allele M-Allele m/m
(frequency)
m/M
(frequency)
M/M
(frequency)
 African Descent
rs3736963 USA (IV) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Asian
rs3736963 USA (V) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Caucasian
rs3736963 USA (I) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
rs3736963 USA (II) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Hispanic
rs3736963 USA (III) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
(-) :  Either no data provided, or data otherwise not eligible for inclusion (see methods for details).

Case-Control Studies (by ethnic group)
  Genotypes
Polymorphism ID#
(Link to NCBI)
Population   T-Allele C-Allele T/T
(frequency)
T/C
(frequency)
C/C
(frequency)
 African Descent
rs4844408 USA (IV) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Asian
rs4844408 USA (V) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Caucasian
rs4844408 USA (I) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
rs4844408 USA (II) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Hispanic
rs4844408 USA (III) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
(-) :  Either no data provided, or data otherwise not eligible for inclusion (see methods for details).

Case-Control Studies (by ethnic group)
  Genotypes
Polymorphism ID#
(Link to NCBI)
Population   C-Allele T-Allele C/C
(frequency)
C/T
(frequency)
T/T
(frequency)
 African Descent
rs4844639 USA (IV) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Asian
rs4844639 USA (V) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Caucasian
rs4844639 USA (I) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
rs4844639 USA (II) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Hispanic
rs4844639 USA (III) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
(-) :  Either no data provided, or data otherwise not eligible for inclusion (see methods for details).

Case-Control Studies (by ethnic group)
  Genotypes
Polymorphism ID#
(Link to NCBI)
Population   A-Allele G-Allele A/A
(frequency)
A/G
(frequency)
G/G
(frequency)
 African Descent
rs591752 USA (IV) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Asian
rs591752 USA (V) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Caucasian
rs591752 USA (I) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
rs591752 USA (II) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Hispanic
rs591752 USA (III) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
(-) :  Either no data provided, or data otherwise not eligible for inclusion (see methods for details).

Case-Control Studies (by ethnic group)
  Genotypes
Polymorphism ID#
(Link to NCBI)
Population   A-Allele G-Allele A/A
(frequency)
A/G
(frequency)
G/G
(frequency)
 African Descent
rs716461 USA (IV) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Asian
rs716461 USA (V) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Caucasian
rs716461 USA (I) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
rs716461 USA (II) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Hispanic
rs716461 USA (III) SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
(-) :  Either no data provided, or data otherwise not eligible for inclusion (see methods for details).

Family-Based Studies (by ethnic group)
  Genotypes
Polymorphism ID#
(Link to NCBI)
Population   C-Allele T-Allele C/C
(frequency)
C/T
(frequency)
T/T
(frequency)
 Caucasian
rs752016 Australia SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Other/Mixed
rs752016 Mixed SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
(-) :  Either no data provided, or data otherwise not eligible for inclusion (see methods for details).

Family-Based Studies (by ethnic group)
  Genotypes
Polymorphism ID#
(Link to NCBI)
Population   A-Allele G-Allele A/A
(frequency)
A/G
(frequency)
G/G
(frequency)
 Other/Mixed
rs841865 Mixed SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
(-) :  Either no data provided, or data otherwise not eligible for inclusion (see methods for details).

Family-Based Studies (by ethnic group)
  Genotypes
Polymorphism ID#
(Link to NCBI)
Population   G-Allele C-Allele G/G
(frequency)
G/C
(frequency)
C/C
(frequency)
 Caucasian
rs1327175 Australia SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
 Other/Mixed
rs1327175 Mixed SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
(-) :  Either no data provided, or data otherwise not eligible for inclusion (see methods for details).

Family-Based Studies (by ethnic group)
  Genotypes
Polymorphism ID#
(Link to NCBI)
Population   C-Allele T-Allele C/C
(frequency)
C/T
(frequency)
T/T
(frequency)
 Other/Mixed
rs2498028 Mixed SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
(-) :  Either no data provided, or data otherwise not eligible for inclusion (see methods for details).

Family-Based Studies (by ethnic group)
  Genotypes
Polymorphism ID#
(Link to NCBI)
Population   m-Allele M-Allele m/m
(frequency)
m/M
(frequency)
M/M
(frequency)
 Caucasian
PLXNA2_4unknown-SNPs Australia SZ
CTR
-
-
-
-
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
0 (-)
(-) :  Either no data provided, or data otherwise not eligible for inclusion (see methods for details).
SZGene Recent Updates
SZGene Stats
Studies: 1727
Genes: 1008
Polymorphisms: 8788
Meta-analyses: 287
ALSGene
AlzGene
MSGene
PDGene
SZGene
An up-to-date collection of all published genetic association studies.
SRF News
SRF Comments
Text Size
Reset Text Size
Email this pageEmail this page

Share/Bookmark
Research Participants
Collaborators
Copyright © 2005-2022 Schizophrenia Research Forum Privacy Policy Disclaimer Disclosure Copyright